לסכסוך המדיני בין אָזֶרְבָּיִגַ'אן ובין אַרְמֶנְיָה שורשים בני מאות שנים. זה היה סכסוך על שטח בין שני עמים יריבים, בני שתי דתות יריבות. תחת הכיבוש הרוסי נכפה עליהם לחיות זה לצד זה בשלום, אף שהעוינות הלאומית והדתית לא נעלמה.
הסיבוב הנוכחי של הסכסוך התעורר בשלהי ימיה של ברית המועצות, כאשר שני העמים היריבים החלו להילחם על החלוקה ביניהם של השטח של המחוזות אָזֶרְבָּיִגַ'אן ואַרְמֶנְיָה של ברית המועצות. תחת השלטון הסובייטי צוירו גבולות המחוזות לפי היגיון ניהולי של השלטון המרכזי במוסקבה, ולא לפי פריסת האוכלוסיות. בכוונת מכוון קבעו הסובייטים גבול בין המחוזות באופן שיערבב את העמים, כך שכל אחד מהם יתקשה להתארגן למרד. במשך 65 שנים השלטון סובייטי המשיך לכפות את השלום בין העמים, ואף עסק בחינוך מבטל ללאומיות ולדת, והתנועה בין המחוזות התנהלה על בסיס של פרנסה ולא על בסיס של נאמנות דתית או לאומית, כך שהערבוב רק גבר. למרות זאת, כאשר החלו להתגלות סדקים ביציבות השלטון המרכזי התעוררו מחדש העמים.
הלחימה ביניהם החלה כבר ב־1988, שלוש שנים לפני שברית המועצות קרסה והתפרקה. לאחר הקריסה, הלחימה הסלימה במהירות. הלחימה לוותה מעשי טבח רבים שממדיהם, אף כי התפרסמו מספרים, לא באמת ידועים. מאות אלפי אָזְרִים שחיו בשטח של מחוז אַרְמֶנְיָה, ומאות אלפי אַרְמֶנִים שחיו בשטח של מחוז אָזֶרְבָּיִגַ'אן גורשו או ברחו, כל אחד לעבר המחוז הנשלט על ידי בני עמו. בעקבות התפרקות ברית המועצות הפכו המחוזות למדינות עצמאיות, שהמשיכו להילחם זו בזו על קביעת הגבול ביניהן. אחד האזורים המעורבבים ביותר, שגם נמצא בגבול בין שני המחוזות ולכן הייתה לשני הצדדים נגישות נוחה אליו, היה נָגוֹרְנוֹ־קָרָבַּך. במלחמת נָגוֹרְנוֹ קָרָבַּך הראשונה ניצחו האַרְמֶנִים, וכמה רבבות אָזְרִים נאלצו לנטוש את כפריהם ולברוח לשטח של אָזֶרְבָּיִגַ'אן. עקב לחץ בין־לאומי לא יכולה הייתה אַרְמֶנְיָה לספח את נָגוֹרְנוֹ קָרָבַּך אליה ולכן הוקמה שם ישות מדינית עצמאית, אַרְצַך. בפועל, אַרְצַך וְאַרְמֶנְיָה התנהלו בשטח הזה כאילו הוא רק מחוז חצי עצמאי – ממשלה נפרדת, צבא נפרד וכן הלאה, אבל עם ערבוב תקציבי, ערבוב בכוח האדם המנהלי והצבאי, ואוכלוסייה שעברה את הגבול ביניהם כאילו אינו קיים.